Muestra la evolución de la cultura maya desde la época prehispánica hasta el día de hoy. Situado al norte de la ciudad de Mérida, Dzibilchaltún es a la vez una zona arqueológica y un parque nacional. El museo de sitio, obra del arquitecto Fernando González Gortázar, fue concebido como un conjunto disgregado entre la selva, que corresponde claramente al lugar donde fue construido, pero utiliza un lenguaje contemporáneo. En él se exhiben aproximadamente 700 piezas arqueológicas e históricas, que resumen tres mil años de desarrollo de la cultura maya.

Está conformado por cuatro salas de exhibición: 1, Pérgola de los monolitos. Muestra esculturas prehispánicas monolíticas de Yucatán, Campeche y Quintana Roo, a la vera de un sendero que recorre un jardín de plantas nativas. 2, Arqueología maya. Dedicada a la época prehispánica, contiene elementos cerámicos y arquitectónicos procedentes de Chiapas, Campeche y el propio Yucatán, dispuestos de manera que ilustren temas como el concepto maya del universo, el surgimiento del hombre, la relación hombre-naturaleza, los dioses, la estratificación social, la pintura, la escritura, la especialización en el trabajo y la cuenta del tiempo. 3, Historia de Dzibilchaltún. Contiene piezas encontradas en la zona durante las excavaciones arqueológicas. También se ocupa del contacto con los españoles y la conquista del pueblo maya, la época virreinal y la formación de la identidad yucateca. 4, Solar maya. Área anexa en la que se edificó una vivienda típica del ámbito rural maya empleando técnicas, materiales y mano de obra tradicional.